Το 1999 το Πρόγραμμα Κόκκαλη σε συνεργασία με το Southeast European Study Group του Κέντρου Ευρωπαϊκών Σπουδών του Πανεπιστημίου Harvard, καθιέρωσε την ετήσια Συνάντηση Εργασίας Αποφοίτων για την Νοτιοανατολική Ευρώπη. Η Συνάντηση Εργασίας, που πραγματοποιείται κάθε Φεβρουάριο, αποτελεί ένα forum για αποφοίτους και πανεπιστημιακούς ερευνητές που επικεντρώνονται στη μελέτη της Νοτιοανατολικής και Κεντρικής Ευρώπης. Ο στόχος της συνάντησης είναι να φέρει σε επαφή μεταπτυχιακούς φοιτητές από όλο τον κόσμο και όλων των κλάδων των κοινωνικών επιστημών όπου θα υποβάλουν τις εργασίες τους σχετικά με θέματα που αφορούν την Νοτιοανατολική Ευρώπη. Είναι μια συναρπαστική ευκαιρία για τους σπουδαστές, το προσωπικό αλλά και όσους ενδιαφέρονται για την περιοχή να συναντηθούν και να ανταλλάξουν απόψεις για θέματα όπως η εξωτερική πολιτική, η ασφάλεια, η κοινωνία των πολιτών, τα ανθρώπινα δικαιώματα, τα μέσα μαζικής ενημέρωσης, η εγκληματικότητα και η διαφθορά, οι οικονομικές μεταρρυθμίσεις, η δημόσια διοίκηση και η πολιτική. Οι μεταπτυχιακοί φοιτητές καλούνται να προτείνουν τα θέματα που θέλουν να παρουσιάσουν και στη συνέχεια επιχορηγούνται ώστε να ταξιδέψουν στο Cambridge και να συμμετέχουν στη Συνάντηση Εργασίας. Το Πρόγραμμα Κόκκαλη δημοσιεύει μερικές από αυτές τις μελέτες σε ειδική έκδοση (Working Paper Series).
