Το Ίδρυμα Κόκκαλη συμμετείχε σε διάφορα Ευρωπαϊκά προγράμματα και συγκεκριμένα: στο πρόγραμμα HelpMi- Helping migrants to integrate in work environments, έχοντας ως βασικό στόχο την εξυπηρέτηση της ένταξης των μεταναστών στην τοπική αγορά εργασίας και τη βελτίωση την κατανόησης της ευρωπαϊκής κουλτούρας, παράλληλα δε να αναπτύξει τις πολύ-πολιτισμικές δεξιότητες των στελεχών που απασχολούνται στον τομέα της διαχείρισης ανθρώπινου δυναμικού. Στο πρόγραμμα European Green Deal for Cities - EGD4Cities το οποίο εμπνέεται από τις υπάρχουσες πρωτοβουλίες, με στόχο την εφαρμογή μιας «πράσινης προσέγγισης» τόσο στο ανθρώπινο κεφάλαιο όσο και την  οικονομία υπό την έννοια της αειφορίας. Το όραμά του είναι να ενισχύσει τις τοπικές αρχές με μια «πράσινη εργαλειοθήκη» για την δημιουργία μακροπρόθεσμων σχεδίων Βιώσιμης Ανάπτυξης, εισάγοντας δεξιότητες που συνδέονται με την μετάβαση σε μια κυκλική και πιο πράσινη οικονομία. Στο πρόγραμμα CREW- Creativity, Resilience, Empowerment for Work, με στόχο την εκπαίδευση ανέργων, νέων και φοιτητών που επιθυμούν να ενισχύσουν και να βελτιώσουν τις δεξιότητές τους (Digital Literacy, Career Management Skills, Communication and Self-improvement skills), καθώς και την ανάπτυξη ενός εργαλείου αυτοαξιολόγησης (Self-Test of required skills in the workplace) προκειμένου να ενταχθούν στην αγορά εργασίας. Επί του παρόντος συμμετέχει στο CERESiS -ContaminatEd land Remediation through Energy crops for Soil improvement to liquid biofuel Strategies Horizon 2020 πρόγραμμα. Ακαδημαϊκοί, βιομηχανίες, οργανισμοί, ινστιτούτα και μικρομεσαίες επιχειρήσεις από πέντε χώρες της Ευρωπαϊκής Ένωσης, την Ουκρανία, τη Βραζιλία και τον Καναδά θα συνεργαστούν σε μια κοινή προσπάθεια αντιμετώπισης του κινδύνου έμμεσης αλλαγής χρήσης γης (ILUC) κατά την παραγωγή βιοκαυσίμων, καθώς και την επαναχρησιμοποίηση ρυπασμένων εκτάσεων γης. Το έργο στοχεύει στη δημιουργία βιώσιμων λύσεων και στα δύο ζητήματα, διευκολύνοντας την εξυγίανση της γης μέσω της φυτοθεραπείας, με την καλλιέργεια ενεργειακών καλλιεργειών για την παραγωγή καθαρών βιοκαυσίμων.