Η εκπαίδευση αποτέλεσε ανέκαθεν ένα βασικό μέλημα για το Ίδρυμα Κόκκαλη, σε εποχές με καθημερινές προκλήσεις και προσκλήσεις, κρίσεις, αναδιαρθρώσεις και επανεξετάσεις των δομών, νέες ανάγκες και απαιτήσεις, αλλαγές, αναταράξεις και αναδιατάξεις σε όλο το γίγνεσθαι της ανθρώπινης δραστηριότητας. Με σημαντικές συνεργασίες που καθόρισαν την πορεία του, με το σχεδιασμό και την παροχή προγραμμάτων για δια βίου επιμόρφωση και εκπαίδευση (με γνώμονα την ατομική και κοινωνική ανάπτυξη), με την καθιέρωση των Θερινών Σχολείων στην Αρχαία Ολυμπία, και τέλος με το πολύ σημαντικό πρόγραμμα Υποτροφιών Κόκκαλη για τη Νοτιοανατολική και Κεντροανατολική Ευρώπη, που παρείχε εκπαίδευση, αλλά και σημαντική δικτύωση για ερευνητικές και άλλες δραστηριότητες, το Ίδρυμα Κόκκαλη παρέμεινε επικεντρωμένο στη δημιουργική σκέψη και το όραμα του για την προώθηση ειρηνικής, δημοκρατικής και ευημερούσας ζωής.