Βασική στόχευση του Προγράμματος Υποτροφιών Κόκκαλη για τη Νοτιοανατολική και Κεντροανατολική Ευρώπη είναι να δώσει την ευκαιρία σε αυριανούς ηγέτες, σε δημόσια στελέχη, καθώς και σε ανθρώπους με σημαντικές περγαμηνές στο πεδίο μελέτης τους και οι οποίοι δεσμεύονται να ενδυναμώσουν το δημόσιο τομέα στην περιοχή τους, να εκπληρώσουν μεταπτυχιακές σπουδές στη Σχολή Δημόσιας Διοίκησης John F. Kennedy του Πανεπιστημίου Harvard.